Особое внимание — охране Байкала и популяции омуля. После ввода моратория на промышленный лов и усиления контроля, биомасса рыбы увеличилась с 7-7,5 тыс. тонн в 2017 году до почти 11 тыс. тонн в 2025 году.

Проект по сохранению водных биоресурсов Сибири Росрыболовство реализует совместно с энергохолдингом «Эн+». За два года работы пресечено 2 тыс. нарушений, изъято 57 км незаконных сетей, вдоль берегов крупнейших водоемов Сибири размещены информационные стенды с разъяснениями правил рыболовства.

Ежегодно после таяния льда на Иркутском, Братском, Усть-Илимском и Красноярском водохранилищах устанавливаются искусственные нерестилища для повышения рыбопродуктивности.